En septiembre de 2014, la Agencia de Protección Ambiental (EPA por sus siglas en inglés) calificó al río Charles con una «A» en cuanto al grado de limpieza, la mejor calificación que ha recibido un río americano desde que comenzaron a ser evaluados, en 1995. Charles River Conservancy (CRC), la agencia que se encarga de administrar el río y su paisaje circundante, se ha esforzado por eliminar el estigma de la suciedad y la contaminación, promoviendo nados anuales de la comunidad.
«El río Charles es ahora el río urbano más limpio de Estados Unidos», dijo Teresa Doherty, gerente de proyectos de CRC. «Tenemos que cumplir con normas específicas de calidad del agua establecidas por el Departamento de Salud Pública a fin de recibir permiso por parte del Departamento de Conservación y Recreación para nadar».
Pero no siempre es seguro nadar en el Charles River, y esto depende de la cantidad de lluvia que haya caído en las últimas 48 horas. Todas las aguas de nuestro estado operadas por el Departamento de Conservación y Recreación de Massachusetts DCR, necesitan licencias especiales para permitir a los residentes que se sumergan en ellas. Si se acumula mucha agua, esta arrastra todos los residuos de carreteras y avenidas que desembocan en el río, y los productos químicos que podrían catalizar el crecimiento de bacterias tales como la E. Coli.